پیرو دیدار جمعی از فضلا و نخبگان علوم عقلی حوزه علمیه قم با مقام معظم رهبری حضرت آیت الله العظمی خامنهای «مدظله العالی» در زمستان سال ۱۳۸۲ و تأکید معظم له بر ضرورت و اهمیت علوم عقلی و لزوم تشکیل انجمن یا مجمعی که مرکزیت علوم عقلی را در حوزه علمیه بر عهده داشته باشد، جمعی از اساتید علوم عقلی با تشکیل جلسات متعدد راهکارهای تحقق اهداف و منویات معظم له را بررسی کرده نموده، که جهت تأسیس مجمع عالی حکمت اسلامی اقدامات ذیل صورت گرفت:
- برگزاری جلسات ابتدایی جهت طرح و بررسی چگونگی شروع کار و مسائل مربوط به آن.
- دیدار با حضرات آیات: جوادی آملی، سبحانی و مصباح یزدی «دامت برکاتهم» و بهره جستن از رهنمودهای کارساز اساتید معظم و تقاضای پذیرش اشراف و نظارات کلی بر کار مجمع عالی که بحمدالله مورد موافقت حضرات اساتید واقع گردید.
- جمعآوری آراء و نظرات اساتید و نخبگان علوم عقلی (به طور حضوری و غیر حضوری) در خصوص چگونگی انجام کار، نوع تشکّل و…
- تهیه پیش نویس اساسنامه؛ طی جلسات متعدد بیش از ده جلسه با حضور جمعی از اساتید و نخبگان، پیش نویس اساسنامه مجمع عالی تدوین و در معرض نقد و بررسی صاحب نظران قرار گرفت و در نهایت پس از بررسی نظرات مختلف اساسنامه به تصویب رسید.
- اساسنامه مصوّب جهت تایید نهایی تقدیم ناظران محترم گردید که به تایید و تصویب نهایی رسید.
- تعیین هیأت مؤسس توسط حضرات آیات: جوادی آملی، مصباح یزدی و سبحانی «دامت برکاتهم» مطابق با ماده ۲۷ اساسنامه.
- دیدار اعضای هیئت مؤسس با اساطین و ناظران محترم عالی جهت بهره گیری از نظرات ارزشمند حضرات در راستای شروع فعالیت مجمع عالی
- دیدار هیأت موسس مجمع عالی با برخی از مراجع معظم تقلید «حفظهم الله» و تأیید و تأکید آنان بر ضرورت وجود مجمع.
- دعوت از نخبگان و اساتید علوم عقلی مطرح در حوزه در جلسات متعدد
- تشکیل اولین مجمع عمومی جهت انتخاب هیأت مدیره
- و … .
از این رو مجمع عالی حکمت اسلامی با هدایت مقام معظم رهبری «مدظله العالی» و تحت اشراف حضرات آیات جوادی آملی، سبحانی و مصباح یزدی «دامت برکاتهم)، پس از تعیین هیأت مؤسس توسط ناظران محترم عالی و انتخاب هیأت مدیره توسط مجمع عمومی، از اسفند ماه ۱۳۸۴ فعالیت رسمی خود را با برگزاری اولین نشست از سلسله نشستهای کرسی نظریهپردازی با موضوع حرکت در مجردات آغاز نمود.