معاونت پژوهش مجمع عالي حكمت اسلامي مسئولیت طراحي نشستهاي علمي اعم از كرسيهاي نظريه پردازي، ميزگرد علمي، همايش و … را برعهده دارد. در همين راستا با رصد مسائل و نيازهاي فلسفي، كلامي و عرفاني جامعه و بمنظور پاسخگويي علمي به شبهات موجود يا نقد انديشهها اقدام به طراحي نشستهاي علمي با حضور اساتيد و كارشناسان محترم مينمايد كه تاكنون به لطف خدای متعال مورد توجه علاقمندان قرار گرفته است.
پذیرش یا سفارش پژوژه های تحقیقاتی، سفارش نشر و طبع آثار و سایر امور پژوهشی در صلاحیت کاری معاون پژوهش مجمع عالی حکمت اسلامی می باشد.
همچنين نسبت به زيرساخت هاي پژوهشي همچون كتابخانه تخصصي علوم عقلی، سايت، دورههاي پژوهشي و … اقدامات مناسبي صورت گرفته است. در حال حاضر حجت الاسلام والمسلمين دكتر علي عباسي معاون پژوهش مجمع عالي حكمت اسلامي مي باشد.