مدیریت اجرایی مجمع عالی حکمت اسلامی وظیفه اجرایی نمودن اهداف، برنامه ها و مصوبات مجمع عالی را عهده دار است. در همین راستا با برنامه ریزی مناسب تاکنون بخش‌های ذیل راه اندازی شده است:
۱) کتابخانه تخصصی علوم عقلی ۲) واحد رسانه ۳) دفتر نشریات علمی ۴) دبیرخانه گروه‌های علمی ۵) واحد آموزش ۶) پایگاه اطلاع رسانی
۷)خدمات پژوهشی ۸) واحد مشاوره علمی ۹) انتشارات ۱۰) شبکه ۱۱) امور اداری ۱۲) طرح و برنامه و …
همچنین نسبت به اجرایی نمودن برنامه‌های مجمع عالی حکمت اسلامی از جمله نشست‌های علمی، دوره های آموزشی، برگزاری جلسات گروه های علمی، تولید محصولات صوتی و تصویری، انتشار نشریات علمی، امور شعب و … اقدامات مؤثری صورت گرفته است. در حال حاضر آقای محمدباقر خراسانی مدیریت اجرایی مجمع عالی حکمت اسلامی را برعهده دارد.